上海大学转化医学研究院为上海大学直属二级研究机构，于2018年7月启动筹建，2018年11月正式挂牌运行。
转化医学研究院致力于基础医学与临床转化有机融合，从临床需求出发，重点围绕骨与关节退行性疾病、肿瘤等衰老相关医学研究，开展疾病生物学机制、代谢组学、药物及医用新材料研发，通过院校合作、校企合作、医工合作等多种形式，促进临床新药物、新技术、新装备等科技研发与成果转化，打造从基础到临床、从科研到产品的医疗技术研发与转化平台。
转化医学研究院拥有一支层级清晰、结构合理的科研教学人才梯队，具有一定国际化程度，跨学科发展、多学科交叉融合，在多个学科领域形成了有特色、有影响、有潜力的学科团队。现有科研人员80余名，教授、特聘教授50余名，包括中国科学院院士、长江学者、国家重点研发计划首席科学家、军委科技委重点项目首席科学家等。
转化医学研究院搭建了一个功能齐全的生物医药研究平台，包括模式动物平台、GMP细胞实验室、一站式多肽合成和质控平台、高水平药物分析和代谢组学研究平台、完善的基于分子生物学基因、蛋白和细胞分析平台以及微纳技术、3D打印和生物医学工程平台等。
自成立以来，积极响应学校建设精神，立德树人，创新强院，积极倡导和谐和竞争的双向机制，大力提升研究院学科综合实力和核心竞争力，已获批国家级、军队及省部级科研项目79项，到账科研经费总计8000余万元，发表SCI论文100篇，申请发明专利30余项，在读硕士研究生50名，联合培养研究生50余名，博士研究生15名，在站博士后6名。